Hallo Michi
Folgendes Denkmodell.
Zwei Array's erzeugen mit:
let Array1 := (((select Tabelle1 where Kalenderjahr = 2020) order by Kalenderwoche).Rechnungsbetrag;
let Array2 := (((select Tabelle2 where Kalenderjahr = "2020") order by number(Kalenderwoche)).Zahlenfeld;
let vErgebnis := 0;
for i in range (0,cnt(Array1)-1,1) do
if item(Array1,i) < item(Array2,i) then vErgebnis := vErgebnis +(item(Array2,i)-item(Array1,i)) endend
vErgebnis

Vorausgesetzt, dass die Anzahl der Werte beider Array's identisch ist. Kann man vorab mit einem if abfragen.
Gibt sicherlich noch andere Wege, die zum Ziel führen.

Das Beispiel hat darauf abgezielt, dass Jahr/KW nur einmalig vorkommt und das Zahlenfeld nur einen Eintrag enthält. .
Kannst du beispielhaft zeigen, wie das Array1 für 5 Kalenderwochen aussieht wenn auch Zahlbeträge mit mehreren Einträgen vorhanden sind.
Einfach mal ein Funktionsfeld erstellen mit formatJSON(((select Differenzen where Rechnungen.'Abrechnung zu Kalenderjahr' = 1) order by Rechnungen.'KW Leistungsdatum').'Brutto Rechnungsbetrag') und den Screenshot vom Funktionsfeld posten. Das Gleiche mit Array2. Und dann kann man mal schauen ob der Weg mit anderen Ansätzen der Richtige ist oder was anderes gemacht werden muss.
Wie können in einem Zahlenfeld mehrere Einträge stehen?
So rate ich halt nur was du meinst. 
Mehr Input wäre manchmal hilfreich.

So wie ich es sehe, gibt es mehrere Records mit identischem Jahr und KW aber unterschiedlichen Zahlbeträgen. Das nehme ich jetzt mal so an, da ich nicht mehr Informationen zur Verfügung habe. Wenn man mit der Array-Sache zu einer Lösung kommen möchte, müsste man im ersten Schritt alle Zahlbeträge mit gleichem Jahr/KW zusammenführen. Das kann man bspw. mit 

let vArray1:=[];
let i =1
Hier Schleife mit  durchlauf für jede KW im betreffenden Jahr. {sowas wie for i in range(0,51,1) do}
let aKW:= sum(((select Differenzen where KalenderJahr =2020 and KW=i)).'Brutto Rechnungsbetrag')
vArray1 :=array( vArray1,aKW)
end
Das müsste eigentlich die Summe der in KW 1und folgenden vorhandenen Zahlbeträge ergeben. Wenn man sowas in eine verschachtelte Schleifen packt, müsste sich für jede KW ein Array bilden, welches man zu einem neuen Array zusammenführt. Damit hätte man ein Array mit nur noch 52 Einträge welches man abschließend mit dem angegebenen Script zu Array2 vergleicht.

Ich würde erst einmal in einem Funktionsfeld eine Abfrage für eine KW bauen und sehen ob das Ergebnis formatJSON(sum(select ...)) stimmt.
Dann stichprobenartig mit anderen KW testen.
Wenn es soweit klappt, eine Schleife darum bauen mit vllt. 5 Durchläufen (KW1 - KW5) und wie das Ergebnis aussieht.
Klappt es mit 5, wird es auch mit 52 funktionieren und man kann die beiden Array dann vergleichen.
Das klingt vielleicht etwas kompliziert aber mir fällt momentan nichts anderes ein.

Hallo Michi.
Mal schauen wie wir das hinbekommen.
Schreib mal den select für 3 Kalenderwochen einzeln.
let vArrray1 :=[]
let vKW1:= sum(Deine Select für die 1. KW)
let vKW2:= sum(Deine Select für die 2. KW)
let vKW3:= sum(Deine Select für die 2. KW)

vArray1 := array(vArray1,vKW1)
vArray1 := array(vArray1,vKW2)
vArray1 := array(vArray1,vKW3)
formatJSON(vArray)

Veröffentliche mal das von dir um die select Anfrage ergänzte Scrpt damit ich sehen kann, wie sich die select-Abfragen von KW1 zu KW3 hin unterscheiden.
Der Inhalt von vArray1 müsste 3 Objekte umfassen, die jeweils die Summen der Zahlbeträge von KW1,KW2,KW3 anzeigen.
Prüfe mal ob die Zahlen stimmen.
Wenn du das jetzt 52x händisch machst, ist das mühsam. Deshalb als nächstes eine Schleife für die Ermittlung der Summen für 52KW.
Wenn die Ergebnisse des Scripts stimmen kann man den nächsten Schritt angehen.
Also erst einmal die manuelle Version.

Wie lauten denn die Select Abfragen für KW2 und KW3 ?

Dann wie folgt:
let vArray1 := [];
let vaKW := [];
for i in range(1, 53, 1) do
vaKW := sum((select Differenzen where Rechnungen.'Abrechnung zu Kalenderjahr' = 1 and Rechnungen.'KW Leistungsdatum' = i).'Brutto Rechnungsbetrag');
vArray1 := array(vArray1, vaKW)
end;
formatJSON(vArray1)

Das müsste ein Array mit 52 Objekten/Zahlbeträgen sein. Wenn zuviel oder Wenig, am Range ändern.

Hallo Michi
Das sollte das vollständige Script sein für deine Berechnung.
let vArray1 := [];
let vArray2 := [];
let vaKW := [];
let vErgebnis := 0;
for i in range(1, 53, 1) do
vaKW := sum((select Differenzen where Rechnungen.'Abrechnung zu Kalenderjahr' = 1 and Rechnungen.'KW Leistungsdatum' = i).'Brutto Rechnungsbetrag');
vArray1 := array(vArray1, vaKW)
end;
vArray2 := ((select Dispoumsatz where number(Kalenderjahr) = 1) order by number('KW Auswahl')).Dispoumsatz;
for i in range(0, cnt(vArray1), 1) do
if item(vArray1, i) < item(vArray2, i) then
vErgebnis := vErgebnis + number(item(vArray2, i)) - number(item(vArray1, i))
end
end;
vErgebnis